การประกันคุณภาพภายในของมหาวิทยาลัยธุรกิจบัณฑิตย์ ประกอบด้วยการรายงานการประเมินตนเองและการรายงานผลการปฏิบัติงาน ตามระบบบริหารคุณภาพมาตรฐานสากล ISO 9001:2000 มหาวิทยาลัยกำหนดให้มีการรายงานการประเมินตนเอง 1 ครั้ง เมื่อสิ้นปีการศึกษา โดยทุกหน่วยงานจะต้องดำเนินการจัดทำรายงานการประเมินตนเอง และจัดส่งมายังสำนักงานประกันคุณภาพการศึกษา ภายในเดือนแรกของปีการศึกษาถัดไป เพื่อดำเนินการสรุปผลนำเสนอในภาพรวมของมหาวิทยาลัยต่อไป
รายงานการประเมินตนเองที่ใช้ในปีการศึกษา 2547 มีการปรับปรุงรูปแบบและปรับเพิ่ม-ลดตัวบ่งชี้ในแต่ละหัวข้อการประเมินจากปี 2546 เพื่อให้มีความเหมาะสมและสะท้อนคุณภาพการศึกษาได้ดียิ่งขึ้น ทั้งยังครอบคลุมมาตรฐานและตัวบ่งชี้ของสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา รายงานการประเมินตนเองของคณะวิชา/สถาบันและหน่วยงาน มีจำนวนหัวข้อการประเมินและตัวบ่งชี้แตกต่างกัน ขึ้นอยู่กับหน้าที่รับผิดชอบหลักในการดำเนินงาน หน่วยงานที่มีหน้าที่หลักในการจัดการเรียนการสอนประกอบด้วย 10 หัวข้อการประเมิน 48 ตัวบ่งชี้ หน่วยงานสนับสนุนที่มีหน้าที่หลักในการสนับสนุนการเรียนการสอน มีหัวข้อประเมิน 6 หัวข้อ 15 ตัวบ่งชี้ นอกจากการรายงานค่าตัวบ่งชี้ในแต่ละหัวข้อการประเมินแล้ว ทุกหน่วยงานจะต้องประเมินตนเองจากค่าตัวบ่งชี้ในเรื่องต่างๆ ตามหัวข้อการประเมิน ตลอดจนระบุจุดอ่อนและจุดแข็ง แนวทางการแก้จุดอ่อนหรือปัญหาและแนวทางพัฒนาหน่วยงาน
สำหรับการรายงานผลการปฏิบัติงานตามระบบบริหารคุณภาพมาตรฐานสากล ISO 9001:2000 ซึ่งจัดให้เป็นส่วนหนึ่งของการรายงานการประเมินตนเองนั้น ได้กำหนดการดำเนินงานออกเป็น 43 งาน มีคณะวิชาและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเป็นผู้รับผิดชอบดำเนินการ และเพื่อเป็นการตรวจสอบการดำเนินงานให้เป็นไปตามข้อกำหนด มหาวิทยาลัยจึงได้คัดเลือกบุคลากรเข้ารับการอบรมความรู้เกี่ยวกับข้อกำหนดคุณภาพ ISO เพื่อแต่งตั้งเป็นผู้ตรวจติดตามคุณภาพภายใน ในปีการศึกษา 2547 มหาวิทยาลัยมีผู้ตรวจติดตามคุณภาพภายในจำนวนทั้งสิ้น 30 คน จากหลายหน่วยงาน มีการประชุมแลกเปลี่ยนความคิดเห็น ข้อค้นพบจากการตรวจระหว่างผู้ตรวจ เพื่อนำมาปรับปรุงแก้ไขและหาแนวทางป้องกันปัญหาร่วมกัน โดยมีการประชุมไปเมื่อวันที่ 24 มีนาคม 2548 การตรวจติดตามคุณภาพภายในโดยบุคลากรในหน่วยงานนอกจากจะทำเป็นประจำทุก 3 เดือน หรือทุก 4 เดือนตามลักษณะงานแล้ว ในทุกๆ 6 เดือนของทุกปีบริษัท BVQI ซึ่งเป็นผู้มอบใบรับรองการบริหารงานตามระบบคุณภาพมาตรฐานสากล ISO ให้แก่มหาวิทยาลัย จะตรวจการดำเนินงานของทุกงานว่าเป็นไปตามข้อกำหนดหรือไม่ ในปีการศึกษา 2547 บริษัท BVQI ทำการตรวจ 2 ครั้งและให้การรับรองว่ามหาวิทยาลัยสามารถดำเนินการได้ครบตามข้อกำหนดของระบบบริหารคุณภาพมาตรฐานสากล ISO 9001: 2000 โดยมีสำนักงานประกันคุณภาพการศึกษา (ชื่อในขณะนั้น) เป็นผู้ดูแลควบคุมการใช้เอกสาร ต่อมาในปี 2560 เปลี่ยนจากระบบ ISO 9001 มาเป็น DPU QC